Les diclonius, des humains mutants possédant des cornes desquelles ils tirent un pouvoir télékinétique représenté par des < vecteurs > veulent instinctivement suplanter la race humaine, ce qui passe par son extermination. Les vecteurs sont des bras fantômes que les filles diclonius développent des leur plus jeune âge, qui s'étirent depuis leur épine dorsale, munis d'une force dévastatrice. En raison de cela, elles sont maintenues en captivité dans un laboratoire de haute sécurité pour y etre étudiées.

Lucy, une diclonius, s'échappe du laboratoire en massacrant les gardes avant d'etre touchée a la tete par un sniper, ce qui la précipite dans l'océan. Elle se réveille sur une plage et est secourue par un jeune garçon nommé Kôta et sa cousine Yuka. Elle a cependant perdu la mémoire et Kôta et Yuka décident de l'héberger chez eux, puis lui donnent un nom : Nyu, le seul mot qu'elle semble capable de prononcer. La vie de Nyu commence alors avec Kôta et Yuka. Une tranquillité de courte durée car un commando d'élite est dépeché pour retrouver et éliminer Lucy. Apres son échec, le laboratoire se sert de deux autres diclonius pour tuer Lucy/Nyu.